โรงเรียนบ้านกกจั่น ได้เริ่มสร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2517 จัดสร้างขึ้นเป็นอาคารชั่วคราวโดยประชาชนและชาวบ้านกกจั่น เมื่อสร้างเสร็จปรากฎว่ายังไม่มีครูมาทำการสอน โรงเรียนมีเนื้อที่ 42 ไร่ 2 งาน

                   เดือนพฤษภาคม 2521 ทางจังหวัดได้ส่งนายสุนันท์  สังเกตุดี และนางสุนีย์ แสงคล้าย มาทำการสอน นายสุนันท์ สังเกตุดี ทำหน้าที่รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ โรงเรียนได้เริ่มเปิดเรียนภาคแรกเมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม 2521 มีนักเรียน 120 คน เปิดสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ชั้นเดียว แยกเป็น 2 ห้องเรียน

                   ปี 2551 วันที่ 2 พฤษภาคม 2551 นายชวลิต มินพิมาย  ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านซับม่วง อำเภอชนแดน สพท.เพชรบูรณ์ เขต 1 ได้รับคำสั่ง สพท.เพชรบูรณ์ เขต 1 ที่ 197/2551 ให้ย้ายมาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านกกจั่น  โดยรายงานตัวเริ่มปฏิบัติหน้าที่เมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม 2551  

                   ปี 2560  วันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2560 นายบรรดิษฐ์ ม่วงอ่อง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองจะปราบ อำเภอทับคล้อ จังหวัดพิจิตร สพป.พิจิตร เขต 2 เดินทางมารับตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านกกจั่น เมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ 2560 จนถึง เดือน กุมภาพันธ์ 2563

                   ปี 2563 เมื่อวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2564 นายภาคภูมิ  บุญชื่น ครูโรงเรียนอนุบาลวังโป่ง อำเภอวังโป่ง จังหวัดเพชรบูรณ์ สพป.เพชรบูรณ์ เขต 1 เดินทางมารับตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านกกจั่น จันถึงวันที่ 1 ตุลาคม 2566

                   ปี 2567 เมื่อวันที่ 14 พฤษภาคม 2567 นายศราวุฒิ  ยมยิ่ง รองผู้อำนวยการโรงเรียนพัชรพิทยาคม อำเภอเมืองเพชรบูรณ์ จังหวัดเพชรบูรณ์ สพม.เพชรบูรณ์ ได้รับคำสั่ง สพป.เพชรบูรณ์ เขต 1 ที่200/2567 ให้เปลี่ยนตำแหน่ง มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านกกจั่น